בישראל כ-12 נחלים ראשיים הזורמים לים התיכון, וכ-15 נחלים עיקריים הזורמים לירדן ולכינרת. עד ראשית המאה העשרים זרמו במרבית הנחלים האלה מים שפירים, והתפתחו בסביבתם מערכות אקולוגיות ונופיות עשירות.

בשנות ה-50 וה-60 של המאה "נתפסו" מקורות המים של הנחלים והועברו בצינורות אל מערכת המים של מדינת ישראל. במקביל הפכו אפיקי הנחלים לתעלות ניקוז שדרכן סולקו מי שפכים עירוניים ותעשייתיים והובילו אותם אל הים.
בסוף שנות ה-80 ובראשית שנות ה-90 הביא מצבם הקשה של נחלי הארץ להקמתן של רשויות ממשלתיות שמטרתן לשקם את נחלי הארץ: רשות נחל הירקון, רשות נחל הקישון, והמינהלה לשיקום נחלים.

הנחלים הבאים נמצאים בשלבים שונים של שיקום:

נחל אלכסנדר
נחל הבשור
נחל הירקון
נחל איילון
נחל לכיש
נחל נעמן
נחל קישון
נחל שורק
נחל תנינים
נחל חדרה
מקורות הירדן: שניר, בניאס, דן
נחל ציפורי
מורד הירדן
נחל חרוד
נחל תנינים
נחל שקמה
נחל באר-שבע