בשמורת עין גדי נובעים מים צלולים מארבעה מעיינות. המים מאפשרים את קיומה של מערכת אקולוגית מיוחדת במינה – פינה ירוקה ובה מגוון ייחודי של צמחים ובעלי חיים.
בשנים האחרונות לוכד קיבוץ עין גדי מים ממי המעיינות למפעל של מים מינראליים שהוקם בקיבוץ.
ארגוני הירוקים וחובבי הטבע טוענים כי נטילת כמות כזאת של מי המעיינות גורמת לנזקים עצומים לשמורה. אנשי הקיבוץ טוענים כי זהו מקור פרנסה חשוב וכי הם מקפידים לקחת מים בכמות שלא מזיקה לשמורה.